目前小兒自閉癥還沒有根治的辦法，但合理的個性化的綜合干預可明顯改善疾病的癥狀和預告。治療主要以行為與教育干預為主，目前沒有特效藥物，主要采取以下方式： 1、綜合干預模式：以兒童發育進程為依據，針對兒童早期的各項發育技能，如語言、游戲、社會交往、注意力、模仿、運動技能、生活自理和適應性行為進行教育訓練，提高兒童的言語能力、社會適應能力以及兒童的認知能力； 2、促進人際關系為基礎的干預：評估患兒的人際關系發展水平，根據評估結果，依據正常兒童人際發育的規律，進行目光接觸、社會參照、互動、協調、情感經驗分享、享受親情、友情等訓練； 3、行為訓練：主要針對患兒不適當的行為，將目標任務按照一定的方式和順序，分解成較小的步驟，采用適當的強化方法，按照任務分解的順序，逐一訓練每一小步驟，直到兒童掌握所有步驟。 4、社會技能訓練：辦法主要是針對患兒社交能力差的特點，訓練基本的社會交往技能，如打電話、買東西、乘車、社交禮儀、人際交往等； 5、音樂治療：在優美舒緩的音樂背景中為患兒提供全面而多樣的感官刺激，可以調整患兒的感官感覺，發掘其學習潛能，提高其言語及溝通技能； 6、游戲療法：以游戲為媒介，在游戲中緩解患兒情緒上的不安和恐懼，學會與其他人進行溝通和合作，以促進發展人際關系技能； 7、對患兒的父母進行課程培訓以及治療過程咨詢，因為父母對患兒的交流能力、社會交往和適應能力的提高起著非常大的作用； 8、新型的非典型抗精神病藥物利培酮、阿立哌唑，可以顯著改善患兒的行為問題，而且這些藥物具有良好的耐受性，作用于中樞神經遞質5-羥色胺和多巴胺系統。傳統藥物有氟哌啶醇，使用時應該要注意藥物副反應。如果存在情緒問題也可以使用緩解情緒的藥物。目前用于臨床為選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑，主要包括氟西汀、氟伏沙明、西酞普蘭、舍曲林和帕羅西汀等作為一種輔助的治療模式。