手術切除是比較直接或者比較徹底的去除色素痣的辦法。由于眼瞼色素痣的部位不一樣，或者肉眼可看的邊界范圍無法確定，所以可能會出現一次手術切除不干凈，色素痣又再次出現，或者是手術切除很干凈，但是由于別的原因，比如色素痣位于深部，術后再次長出的情況，針對該情況，一般采取的辦法就是再次手術。如果術后瞼緣上面或者結膜內部出現少量色素痣，也可以通過激光的方法進行輕度的清除，治療的傷害性比較小，恢復會比較快。