直腸息肉的主要治療方法是進行切除。息肉是一個明確的癌前病變，其病變率多少不一，針對息肉的不同類型，如絨毛狀腺瘤和管狀腺瘤，其癌變程度不同，但是其原則是發現直腸息肉，一定要切除。切除的方法有很多種，如息肉位置較低，經肛可以看見，可行經肛切除；如息肉位置較高，無法經肛門切除，則需于結腸鏡下切除。復查是切除后的后續治療方法，不能認為直腸息肉切除了就萬事大吉了，因為切除部位不會再長，但直腸或腸道其余部位仍可再生長，所以，需進行定期的復查，確保息肉不再繼續生長、長大。一般半年至1年復查一次，如有新發，需再進行切除，待半年至1年后再次復查，如無新發，可將復查時間適當延長至2-3年；如3年復查一次仍無新發，可將復查時間延長至5年。需注意可逐漸的延長復查時間，但一定要復查。