唇腭裂主要是在懷孕第四周至第十周期間，由于某些致病因素導致胎兒面部發育障礙所致。而目前認為可能致病的元素有： 1、遺傳原因，患兒直系或者是旁親屬中有類似情形發生，大約有20%左右的唇腭裂患者可能查出有遺傳病史； 2、感染或者損傷，懷孕初期兩個月左右母親感染過病毒，比如流感、風疹或受過某些損傷，可能成為唇腭裂的致病因素； 3、母親在懷孕期間患有貧血、糖尿病、嚴重的營養障礙等慢性疾病； 4、母親懷孕期間服用過某些藥物，如鎮靜劑、抗癲癇的藥、激素類藥物等； 5、懷孕期間母體接觸過大劑量的X線照射。因此唇腭裂的預防關鍵在于懷孕早期。