傳染性軟疣極易復發。傳染性軟疣的復發的原因有多種因素，具體如下： 1、患者的免疫功能下降，尤其是細胞免疫功能下降是復發的主要原因； 2、在治療傳染性軟疣時，沒有有效的清除殘余的皮疹； 3、原有的皮疹周圍已經有亞臨床感染癥狀，肉眼不能辨別的情況下，經過一段時間后就會發展成疣； 4、夫妻雙方交叉感染也可能會引發病情的反復； 5、因搔抓或者個人衛生不良從而引起的自身接種等等。 部分患者發病幾個月以后，皮損可以發生斑片狀濕疹樣的改變，跟眼睛周圍有皮炎時，甚至可以引發慢性結膜炎及淺表性的點狀角膜炎。