兒童系統性紅斑狼瘡為多系統受累的疾病，早期起病特別隱匿，沒有表現出癥狀。 患者可以皮疹起病，如患者早期會出現面部的皮疹。稱為紅斑狼瘡的原因是患者臉上會出現蝶形紅斑皮疹，該癥狀是比較典型的狼瘡。 部分孩子會以血液系統受累為主要表現，早期表現為血小板減少，部分兒童因為出血點或漱口老出血前來就診，檢查發現患者血小板很低，再經過系統檢查發現是兒童系統性紅斑狼瘡。 部分患者起病急，可能是以神經系統受累為主要表現，患者會出現抽搐、昏迷，最后檢查發現是狼瘡疾病。 部分兒童會以關節炎起病為主要表現，該類患者比較多，會出現關節腫脹、疼痛或活動受限，檢查其血常規發現患者有貧血或C反應蛋白偏高，再繼續檢查會發現患者可能為狼瘡疾病引起關節受累。 兒童系統性紅斑狼瘡早期癥狀特別不典型，部分孩子可能有低燒、沒精神、乏力、食欲不好、體重下降等非特異癥狀，這時可以檢查血常規，有經驗的大夫根據血常規可以推測患者是否有問題。