腹膜透析最大的缺點是特別容易導致腹膜炎。腹膜透析的管路經過腹腔進入體外需要操作，是患者自己操作，患者的無菌觀念難免不是很嚴格，容易把細菌帶入腹腔。如果腹腔有炎癥如闌尾炎、膽囊炎或腹瀉也容易導致細菌進入腹腔，導致腹膜炎。但是現在通過改進，一是培訓患者一定要無菌操作，再一個就是改進雙卡夫系統，讓細菌順著管路從體外進入體內的通道阻斷了，腹膜炎就相對少多了，所以腹膜炎的管理是腹膜透析成功與否的關鍵。