隨著質子泵抑制劑類藥物、PPI，以及內科治療手段的不斷優化，單純胃潰瘍患者很少再需要進行手術治療。當長期慢性潰瘍形成瘢痕性幽門梗阻，內科治療手段無效時，才會考慮手術治療。 長期潰瘍導致慢性瘢痕形成穿孔，需要通過手術修補。長期慢性潰瘍局部惡變者，甚至需要進行胃切除，即胃癌根治手術。另外，潰瘍形成大出血，消化內鏡不能徹底止血的情況下，也需要進行手術治療。但是手術困難程度不一樣，手術具體時間各異，進行穿孔修補術相對簡單，若合并惡變等其它情況，還需要做根治性手術，手術時間在2-3小時。