腰椎間盤脫出手術的后遺癥可有腰部疼痛、腰部僵硬，特別是術后遇到天氣變化，即遇到寒冷的時候腰部可能會出現不適的癥狀，但是這些問題可以通過手術后的腰背肌訓練以及物理治療，最大限度的減少。 如果在腰椎間盤手術中損傷到神經根、馬尾神經、硬膜囊，就有可能導致永久，或者短期的神經功能障礙，包括疼痛、麻木、無力甚至大小便功能障礙等。另外，如果在腰椎間盤手術的同時應用了內固定，內固定本身也可能有一些并發癥，比如內固定斷裂、內固定松動或者椎間關節融合不好等，都會出現相應的臨床表現。