小兒支原體肺炎可以自愈。支原體肺炎發生率并不高，通常在15%左右，主要見于年長兒，目前嬰幼兒也有發生，但相對較少。經過大環內酯類抗生素治療7天仍未好轉可稱為難治性支原體肺炎。大部分難治性支原體肺炎具有強烈炎癥反應或合并其它細菌感染，但經過治療也可治愈。 目前在亞太地區，大環內酯類抗菌藥物對80%以上支原體耐藥，但實際臨床工作當中，并未發現過多耐藥情況。支原體肺炎為自限性疾病，當檢查到支原體抗體濃度升高情況時，提示支原體感染，但身體已免疫啟動，支原體感染會逐漸好轉，因此無需反復、長期應用抗支原體藥物進行治療。