皮脂腺囊腫一旦形成，通常難以自愈，但在形成初期囊腫較小，可通過個人面部清潔或護膚品的應用，溶解堵塞皮脂腺導管口的皮脂。但若皮脂腺囊腫較大，類似花生米大小，無法通過通暢導管的方法解決，此時需局部手術切除，且需將囊膜完整切除，不易復發。 如果皮下囊腫發生感染，不適合進行手術，需先控制感染，如已形成膿腫，要切開引流，待炎癥完全消退后，再考慮手術治療，因炎癥時進行手術往往無法徹底清除，且易復發。如果懷疑皮脂腺囊腫發生惡變，應及早切除，經病理檢查確診，術后可輔助一定的局部放療，達到根治效果。