巧克力囊腫屬于子宮內膜異位癥，導致發生的風險因素主要包括：1、未經產女性；2、長時間暴露于內源性激素，如月經來得早11-13歲初潮、大于55歲絕經、月經周期較短小于27天、月經量較多等；3、繆勒斯管發育異常，可能與子宮畸形，如縱隔子宮、鞍狀子宮，導致流出道異常；4、激素藥物攝入過多；5、在兒童時期或青春期，受過嚴重的生理或者性虐待；6、有大量攝入反式不飽和脂肪酸。與子宮內膜異位癥風險降低的因素包括多產、哺乳期延長，還有月經初潮比較晚。