結腸炎疾病治療首先需確定病因，進行抗菌治療。抗菌治療選用抗革蘭陰性桿菌類，如喹諾酮類藥物治療。特殊疾病一般是炎癥性腸病，包括潰瘍性結腸炎和克羅恩病，是由自身免疫缺陷引起，治療主要是5-氨基水楊酸類藥物。這類藥物主張長期應用，應用效果不佳時或炎癥持續反復考慮激素甚至免疫抑制劑治療。還有其它因素引起，包括進食刺激性食物，導致物理刺激引起結腸炎癥表現時，注意飲食即可。 結腸炎常見為細菌性結腸炎，有明確病因。細菌常見痢疾桿菌，引起急性結腸炎表現。還有沙門菌或金葡菌感染引起，通常是急性胃腸炎，一般還伴有胃部病變表現；極少數由病毒引起。