射頻消融的并發癥是對心臟造成的傷害，射頻的原理是指釋放出的電流在局部轉換為熱能，是對局部心肌的一種傷害，如果位置比較準確，能量比較合適，正好達到需求，把局部的自律性、傳導性改變，就達到目的。但每個人的心肌傳導性和自律性程度不一樣，不能保證每次釋放的量都正好，如果反復的刺激或反復釋放能量，會對心肌造成一定的傷害，甚至出現嚴重的并發癥，如三度房室傳導阻滯，甚至心臟破裂等情況。