目前沒有抗HPV病毒效果最好的藥，甚至目前沒有一種藥物可以有效的對抗HPV病毒的感染。與其他的病毒一樣，包括流感病毒或者新冠病毒，目前都是沒有一種特效的藥物能夠對抗病毒感染的。與細菌感染不同，細菌感染是可以有有效的抗生素，并且可以選擇針對某種特定細菌的抗生素，可以得到確切的效果。 但是病毒感染到目前為止還沒有研制出一種有效的抗病毒的藥物，使用對于HPV感染有一定效果的藥物，主要是針對比較年輕的女性，并且沒有TCT也就是宮頸細胞學的異常，排除了宮頸癌和癌前病變的病人。如果只有單純的HPV病毒感染，可以使用一些藥物來進行相應的治療，包括干擾素凝膠、生物蛋白凝膠或者使用光動力治療。但是其實HPV病毒感染很多都是一過性的，大多數的女性都可以通過自身的免疫力將病毒清除，病毒可以自行清除的一個時間階段，大約是八個月到一年左右。所以對于女性單純HPV感染也可以暫時給予觀察，半年到一年再復查，很多病人就會出現HPV病毒自行清除的結果。