秋水仙堿的副作用與用藥劑量相關，用藥劑量越大，副作用發生概率越高，癥狀相對更嚴重，劑量小時副作用會相應減少。秋水仙堿包括口服片劑以及靜脈注射劑，口服片劑比靜脈注射用藥安全性更高。早期副作用主要包括胃腸道癥狀如腹痛、腹瀉、嘔吐、食欲不振等。嚴重時嘔吐、腹瀉、脫水和電解質紊亂，此時需及時就診。對于長期服藥的患者，副作用包括出血性胃腸炎、吸收不良綜合征，還可能導致肌肉和周圍神經病變。此外還包括骨髓抑制、血小板減少、中性粒細胞下降，嚴重時出現再生障礙性貧血等，所以秋水仙堿在臨床使用時需關注其副作用。