垂體柄阻斷綜合征的治療要針對激素缺乏的替代治療，垂體柄阻斷綜合征的標志是垂體后葉的異位、垂體柄中斷以及垂體前葉發育不良，臨床上會出現生長激素缺乏，合并至少一種垂體前葉激素的缺乏，而垂體后葉的功能正常。使用生長激素來補充治療，同時也要補充所缺乏的糖皮質激素，臨床最常用的是氫化可的松，氫化可的松的劑量在遇到應激，比如感染、創傷，應該適當加倍。如果存在嚴重的應激，不能吃東西、惡心、嘔吐，需要靜脈補充糖皮質激素，往往選擇氫化可的松，同時要補充所缺乏的甲狀腺激素。甲狀腺激素的補充應該在補足糖皮質激素的基礎上，再進行甲狀腺激素的補充，經常使用的是左甲狀腺素鈉。使用左甲狀腺素鈉的劑量，并不能根據促甲狀腺激素的水平來進行調整，也需要補充性激素。如果沒有生育需求，對于女性使用人工周期補充，而對于男性通過十一酸睪酮注射液或十一酸睪酮膠丸來進行性激素的替代治療。有生育需求則有2種方法，一種是雙促治療，補充促性腺激素，另一種方法是用GnRH類似物，通過泵來脈沖治療。