男性小便呈腥臭味，主要原因具體如下：1、化膿性腎盂腎炎：常見于化膿性腎盂腎炎的患者，出現尿頻、尿急、尿痛癥狀，還會出現發熱、腰酸、腰痛癥狀，尿液中呈腥臭氣味；2、慢性前列腺炎：慢性前列腺炎患者發生尿潴留時會出現大量殘余尿，殘余尿中致病微生物刺激尿素分解產生氨氣，出現尿液呈騷臭氣味的表現；3、膀胱結腸瘺：發生膀胱結腸瘺時會出現尿液呈臭味的表現，部分患者在大量飲水后會出現尿液呈腥臭氣味的情況；4、泌尿系化膿性感染：發生化膿性膀胱炎時會出現尿液呈腥臭氣味，建議及時到泌尿外科就診，通過中段尿培養找到致病微生物，選擇有效的抗生素，配合中成藥物治療，多數患者尿液呈腥臭氣味的癥狀會明顯好轉。