服用緊急避孕藥后出血稱為撤退性出血，過程類似于月經來潮。緊急避孕藥的成分是孕激素，在整個月經周期內，幾乎都存在雌激素的分泌，但只有排卵后才會產生孕激素。而月經形成是在雌激素加孕激素共同的作用下，兩種激素一同撤退，導致無法支持子宮內膜，子宮內膜發生脫落后而產生月經。如果剛好在月經的排卵期前服藥，體內單獨有雌激素，或者在排卵后早期服藥，體內雖然有孕激素但水平較低。在此時外源性加入大劑量的孕激素，且為一次性給藥，子宮內膜在兩種激素的共同作用下發生分泌期的改變，服藥后則會發生撤退性出血。