涉及手術時會有疼痛問題，行心房間隔缺損介入手術的患者使用局麻之后，對于穿刺血管及后續整個過程，絕大多數病人沒有任何感覺，并不存在更嚴重疼痛。若患者進行開胸修補手術，可能需要在胸壁上切開30-40cm的創口，疼痛會持續一段時間，房間隔缺損介入手術的疼痛感非常輕微，患者不必太在意。 進行房間隔缺損介入治療是將直徑5mm左右的塑料管通過血管進入心臟內，找到缺損部位以后在缺損區域撐開傘，將缺損區域封堵上。進行皮膚穿刺的同時會先給予局部麻醉，此手術一般不會進行全麻，除非患者是幼兒，不能自主配合。一般成年人或青少年能配合手術都是使用局麻，注射麻醉時肯定會疼。