耳朵霉菌感染通常難以自愈，感染出現癥狀時說明持續時間較久或癥狀較重，已經超過自愈期才會出現自我感覺不適。當癥狀比較輕時，注意避免挖耳朵、耳道進水等情況，有可能逐漸恢復。若不能自行恢復，可以適當使用抗霉菌滴耳液，如克霉唑滴耳液或酮康唑軟膏局部涂抹外耳道，可以獲得較好療效。當治療效果不佳時，醫生用吸引器將耳道分泌物以及霉菌吸引清理干凈，再繼續用藥，必要時可以做細菌或霉菌培養，根據藥物敏感試驗進一步選擇藥物治療。