999感冒靈的副作用即常見的不良反應，包括用藥后偶見皮疹、瘙癢、蕁麻疹、藥物熱、粒細胞減少等，還可能出現困倦、嗜睡、口渴、虛弱感。如果長期大量用藥可能會導致肝損傷。999感冒靈的副作用與藥物組成關系較大，此藥物屬于復方中成藥，成分中含有中藥組分，比如三叉苦，金盞銀盤、野菊花、崗梅等。同時還包括西藥成分，比如對乙酰氨基酚、馬來酸氯苯那敏、咖啡因等。由于西藥成分的存在，在使用999感冒靈時應避免飲酒，同樣勿飲用含有酒精的飲料。如果長期大量服用對乙酰氨基酚，可能會出現肝損傷，飲酒會加重這種風險，也提示嚴重肝腎功能不良患者禁止使用999感冒靈。針對用藥后困倦、嗜睡的不良反應，需避免駕駛機車、船、從事高空作業等。