很多神經系統疾病都會應用磁共振幫助進行診斷，包括感染、腫瘤、腦梗、腦出血，或者其它代謝中毒性，缺血缺氧性疾病。累及到中樞神經系統會應用磁共振，磁共振常見于T1序列、T2序列、FLAIR序列，以及DWI、ADC序列等，不同的序列看的東西可能不同，給出的信息也有所不同。T2序列，包括FLAIR序列給出來的高信號，一般可以反映結合水的信號，尤其在T2上面。一般來講T2上結合水和游離水都會呈現高信號，而FLAIR序列上面可以將游離水的信號進行抑制，因此只會呈現出結合水的信號。存在病灶就可能存在結合水，FLAIR信號上如果出現高信號，一般而言提示各種病變引起神經功能損害，例如梗塞、腔梗或者感染、出血、腫瘤等代謝性疾病，都可以出現FLAIR上的高信號。T2與FLAIR的唯一區別就是在T2上，正常的腦階信號也會呈現高信號。