牙周翻瓣手術是指在局麻下，使用手術刀將牙齦切開、翻開黏骨瓣膜，使牙齒根部充分暴曬在直視下，而進行牙石的祛除、袋內壁炎性肉芽組織的祛除，祛完后再將黏骨瓣膜縫起來，放上賽治劑，這個過程叫做牙周翻瓣術，其目的是更加徹底地祛除齦下牙石。當通過齦上潔治術和齦下刮治術，再做牙周檢查時，牙周袋的深度仍然＞5mm，這時就要通過牙周翻瓣手術把牙齦部分切除、把袋內壁的肉芽組織、牙石徹底清除掉，進行沖洗甚至上藥，再縫起來，使牙槽骨進行修正、保證牙周組織的健康、使得牙周袋的深度變淺、使得牙槽骨變成正常的形態以保證牙齒支持組織的健康。 但牙周翻瓣手術有適應證，如果患有一些全身疾病如高血壓、心臟病，這種情況下要慎重選擇牙周翻瓣的手術。