賁門失弛緩癥在經過正規治療后預后非常好，特別是現在內鏡技術的開展，如經口內鏡肌切開術，即POEM術的開展，病人治療后吞咽困難、反流、胸痛、燒心、反酸癥狀可得到明顯改善，包括呼吸道癥狀，咳嗽、咳痰都明顯改善，從而提高生活質量，甚至可達到治愈效果。 賁門失弛緩癥預后較好，關鍵是及時到醫院就診，采取最佳治療方案，疾病恢復也會較好。如果不注意、不及時就診或采取必要措施治療，長時間后食管擴張較為嚴重，會出現積食和其它嚴重問題，從而造成治療困難。