新生兒窒息主要是缺氧以及缺氧引起的酸中毒及循環障礙。可導致組織器官的代謝異常，并引起相關的功能障礙，主要表現在腦、心、肝、腎以及胃腸道等方面。程度重或未經積極治療的窒息患者，可以導致器官功能衰竭，甚至死亡。此病對大腦的影響主要是引起新生兒缺氧缺血性腦病，這是新生兒窒息后的嚴重并發癥。由于腦部是全身耗氧量最大的器官，窒息的時候因為缺氧引起酸中毒，使腦部的供氧以及供血均減少，從而使腦部細胞缺氧而出現代謝異常，導致腦細胞水腫，甚至腦神經元壞死，從而留有神經系統的嚴重后遺癥，比如智力低下、癲癇以及腦癱等。窒息后如果發生新生兒缺氧缺血性腦病，常需要長期而且規律的康復治療，以提高生活質量。