流產的原因包括很多種，大部分流產是由于染色體異常，發生率約50%。第一次發生流產，多數是由于胚胎的染色體異常，這是一個自然淘汰的過程，和準爸爸準媽媽沒有相關性。如果明確不是胚胎染色體異常，準爸爸準媽媽要進行檢查。準媽媽方面可能與內分泌異常、黃體功能不足、甲狀腺功能異常以及自身免疫性疾病如系統性紅斑狼瘡等有關，還有先天性子宮畸形、縱隔子宮和宮腔粘連等也可能會導致孕早期的流產。孕期的不良生活習慣也可能會導致流產，如抽煙、喝酒或晚睡、晚起等。此外，孕早期葉酸的缺乏也可能會導致神經管畸形、早孕期流產。準爸爸的不良生活習慣也會導致流產，多數導致流產的類型是長了一個空孕囊而沒有長胚芽。建議男士在準備懷孕期間，應該有規律健康的生活作息，避免煙酒等可避免流產的發生。