胚胎移植技術是體外受精胚胎移植技術的第二個環節，也是最重要的一個環節。它是在體外對胚胎進行3-5天的培養之后，選擇形態比較好的胚胎，把它重新放回女性宮腔內的一個過程。 這個過程是在B超監控下進行操作的，胚胎移植所用的移植管是一個非常細、很軟的管子，會把含有胚胎的培養液吸進移植管內，由胚胎室的胚胎學家轉移到臨床醫生手中，在B超監控下把它緩緩的放到女性體內。 胚胎移植目前來說如果是移植第三天的胚胎，會選擇1-2枚胚胎，常規情況下是兩枚胚胎進行移植。 如果是移植囊胚也就是5-7天的胚胎，會選擇評分比較好、質量比較好的胚胎，常規情況下是進行單囊胚移植，因為囊胚移植相對于第三天的胚胎來說，種植率要高。 因為囊胚培養比第三天的胚胎在體外又多經過了2-4天的一個培養和篩選過程，能夠形成囊胚的肯定是經過優選的胚胎，所以妊娠率會相對比較高，為了避免雙胎或者是雙胎以上的妊娠，會選擇單囊胚進行移植。