正畸治療對骨頭影響有限。臨床上經常遇見嚴重的骨性錯頜畸形患者，如地包天患者，上面往內癟，下邊往外突或者大齙牙，上面骨頭往前突下面往后縮。部分人臉不對稱，一邊臉大一邊臉小，或者下巴往一邊偏的厲害，這種嚴重的骨性畸形，通過單純的正畸治療無法解決，需要借助外科正畸手術完成，稱為正頜正畸。正頜正畸不僅要解決患者面型問題，還要恢復口頜系統正常咬合功能。經過正頜正畸手術后，恢復口腔良好的咬合功能，并能解決其骨頭畸形，兩者相輔相成，缺一不可。但是臨床上要等到患兒生長發育停止后即18歲左右再進行手術，過早進行手術可能復發。