青光眼性視神經萎縮的發病原因與青光眼有關，青光眼絕大多數情況下都是因為眼壓高造成，由于高眼壓造成的視神經機械性壓迫，把視神經壓壞，所以造成萎縮。 還有一類青光眼就是所謂正常眼壓情況下眼壓不高，但視神經也出現萎縮，這類青光眼視神經萎縮，也稱之為正常眼壓青光眼視神經病變。 其中還有一個理論叫缺血理論，因為缺血，血液供應灌注壓不足，低灌注造成視神經損傷。 所以總體而言，不管是機械壓迫學說，還是缺血理論學說，實際已經爭論很多年，很多青光眼都是因為這兩種理論造成青光眼性視神經萎縮，此外，還有其它不可知的因素，目前還在進一步研究、探討中。