十二指腸球部潰瘍患者有上腹部疼痛，可以表現為鈍痛、灼痛、腹脹或劇痛，也可能僅表現為饑餓時隱痛不適，典型特征為上腹部節律性疼痛，常伴有反酸、噯氣等癥狀，部分患者無典型疼痛特點，僅表現為無規律性、較含糊的上腹隱痛，伴有腹脹、厭食等癥狀。隨病情發展，患者可以因為并發癥的出現而發生癥狀改變。十二指腸球部潰瘍可以反復發作，病程較長，病史可達幾年，甚至十幾年。