尿道長小疙瘩的原因主要有以下幾種：1、尖銳濕疣：是比較嚴重的情況，部分患者長在尿道中，出現針尖樣或米粒樣大小的疙瘩，表面刺狀。尖銳濕疣是一種性病，需及時到醫院就診，由醫生根據病情，制定嚴格的治療方案，如進行抗人乳頭瘤病毒和調理機體免疫治療等；2、良性腫物：如表皮囊腫、尿道息肉、陰莖中縫囊腫和尿道旁囊腫等，屬于生理發育異常。此類囊腫若不影響正常生理功能，如排尿，可以不進行處理。若發生經常感染、破潰、流血以及疼痛等，應到泌尿外科就診，醫生可以手術切除囊腫。