囊胚移植較卵裂期胚胎移植，在臨床方面優勢更大。自然狀態下受精卵是在輸卵管腔內發育至桑葚胚，即早期囊胚后進入宮腔。胚胎過早進入宮腔，會導致與子宮內膜的種植窗不同步，從而影響胚胎著床。由于染色體異常的胚胎無法發育至囊胚期，延長囊胚培養，可使部分染色體異常且質量差的胚胎在體外自然淘汰，進而選擇出生存能力強、質量好的囊胚。這種自然選擇，使具有更大發育潛能的胚胎存活下來。囊胚移植的實施時間處于黃體中期，此時，女性的生殖道宮頸黏液減少，十分利于移植的操作，子宮的收縮也明顯減少，減少了胚胎被排出體外的機會。目前發現單囊胚移植的結局比單囊胚移植更有優勢，而且可以大大減少多胎妊娠率、流產率及異位妊娠的發生率，而且獲得活胎分娩的機會更大。