目前常用的抗甲亢藥為硫脲類藥，臨床選用的順序常常是甲巰咪唑，也叫他巴唑，簡稱MMI，丙基硫氧嘧啶也叫PTU，卡比馬唑也叫甲亢平和甲基硫氧嘧啶。PTU和甲基硫氧嘧啶的藥效比其他藥要小10倍，使用的時候劑量應該要增大10倍，不同地區、不同醫生之間根據習慣和經驗有不同的選擇。美國醫生喜歡用PTU，但是歐洲首選他巴唑，我國選用PTU和他巴唑的都不少。選用PTU是因為它可以減少循環中的甲狀腺素俗稱T4，轉化為三碘甲狀腺素原氨酸俗稱T3，作為孕婦使用更為安全。但是選用他巴唑這個藥副作用小些，對甲狀腺激素的合成具有較長時間的抑制作用，有經驗顯示這個藥每天用藥一次就可，所以病人依從性相對較好。其它還有一些輔助的藥物如β受體阻滯劑，常用是普萘洛爾，也叫心得安，主要用于心率過快的病人。碘劑主要是在甲亢的術前準備以及甲亢危象的搶救時使用。