耐藥結核病遵從一般結核病的化療原則，按照早期、聯合、適量、規律、全程的結核病治療原則，規范的使用化療藥物進行治療。按照結核病耐藥種類的不同，分別按照單耐藥、多耐藥、耐多藥、廣泛耐藥和耐利福平結核的分類，制定相應的化療方案，化療療程1-2年不等。耐藥結核使用的藥物大多是二線藥物，藥物的副作用可能比較多，所以治療中間要定期到醫院復查肝功能、腎功能、血常規，在醫生的指導下用藥，如果出現不適，不宜自行間斷用藥，以免導致治療失敗。規范的治療、合理的治療才能夠提高治愈率。另外治療中間應該注意使用對癥的藥物，如護肝的藥物對癥治療，防止副作用出現。