尖銳濕疣的治療原則以局部去除疣體為主，輔助抗病毒和提高免疫功能的藥物，物理治療如激光、冷凍、電灼、微波等可酌情選用。巨大疣體可手術切除，但妊娠患者接受物理治療可能誘發流產，所以要注意。光動力治療適合于疣體較小者，而且在尿道口部位尖銳濕疣，以及采用物理治療或外用藥物去除疣體后，要進行預防復發的治療。外用藥物治療可選擇5%的咪喹莫特乳膏、0.5%的鬼臼毒素酊、5%的5-氟尿嘧啶乳膏外用，注意局部不良反應，妊娠患者不宜使用。抗病毒治療和提高免疫藥物的選用，一般比較常用的就是干擾素還有轉因子或胸腺素類，有胸腺五肽、胸腺肽這種提高免疫力的藥物全身治療。