反復性口腔潰瘍的治療，首先要找尋到反復性潰瘍發作的原因。判斷是否是創傷因素所導致的，創傷因素導致的反復性口腔潰瘍在中年人或者老年人中比較常見。中老年人由于缺失牙或者牙體缺損，牙齒邊緣比較銳利，或者修復義齒以后義齒的邊緣比較銳利，通常造成相對應的部位，比如舌體、舌緣、頰部會出現相應的潰瘍。找到創傷因素以后需要及時調整，比如進行相關的調(牙合)、拔牙，或者調整義齒邊緣，消除創傷因素，潰瘍自然就消除了。對于年輕人或者中年人會出現一種疾病，稱為復發性阿弗他潰瘍，這是人們相對可能關心的潰瘍病史，需根據病因調整。有些患者是因為免疫力降低造成的，這時可以使用一些胸腺素或者球蛋白、轉移因子等能夠增強免疫力的藥物來提升免疫力，降低發作的頻率。其次有些患者免疫力出現了異常，甚至是過強的表現，這時要采用一些免疫抑制劑來進行病因的控制。免疫抑制劑通常最常見的就是糖皮質激素，使用一段時間以后可能會出現一定的副反應，所以一旦進行免疫抑制劑治療，通常一定要在醫院進行合理的藥物搭配，千萬不能自己使用免疫抑制類的藥物。