宮頸納氏囊腫絕大多數情況下是子宮頸的生理性變化，子宮頸轉化區內的鱗狀上皮取代柱狀上皮的過程中，新生的鱗狀上皮覆蓋子宮頸腺管口或深入腺管將腺管堵塞，導致腺體分泌物的引流受阻、潴留，形成囊腫。納氏囊腫也有可能是子宮頸局部損傷或子宮頸慢性炎癥導致腺管口狹窄，也可引起子宮腺囊腫的形成。子宮腺囊腫通常是不需要處理的，是一個生理性的變化，但深部的子宮頸腺囊腫，子宮頸表面看不到異常，表現為子宮頸肥大，這種情況應該和子宮頸的腺癌進行鑒別。