細菌性肝膿腫主要的病原來源革蘭氏陰性菌要多過于革蘭氏陽性菌，革蘭氏陰性菌一般常見的是金葡菌、鏈球菌或者大腸桿菌，同時也有一些其它比較少見的細菌，比如軍團菌或者克雷伯菌等。阿米巴性肝膿腫主要是溶組織內阿米巴引起的肝膿腫，還有其它一些比較少見的真菌性肝膿腫，或者其它特殊病原體引起的肝膿腫，一般要通過肝膿腫培養才得知。大部分膿腫是通過血或者膽道來源，通過皮表接觸一些致病菌引起的肝膿腫很少見，一般不會引起肝膿腫。