肝囊腫多與先天性遺傳因素有關，而且肝囊腫早期通常情況下沒有癥狀，所以很多病人并不知道自己患有肝囊腫，臨床常見于體檢發現肝囊腫后，根據病人的情況處理。部分病人出現后天囊腫增大或者合并感染的情況后，病人才能夠發現有癥狀，再檢查隨訪發現肝囊腫的疾病。所以臨床常見的肝囊腫多數是以先天性為主，有先天多囊肝，即整個肝滿布囊腫，而且很多肝囊腫與腎囊腫同時存在，所以臨床也稱為多囊肝、多囊腎。