作為有局限性的腦干膠質瘤，影像學會發現瘤壁、邊界，而且偏后方，對于手術能達到的部位可以進行切除，但是切除之后往往患者有功能障礙，有可能癥狀會加重，比如運動障礙、感覺障礙，眼球運動障礙，通常殘余終生的障礙很難恢復。 對于腦干膠質瘤，以前腦干是手術禁區。但現在隨著顯微鏡的應用以及手術技術的提高和改進，腦干部位的腫瘤也可以進行手術，但是并不普及。腦干部位的膠質瘤生長較彌漫，若沒有明確邊界，這種膠質瘤無法進行手術，只能采取相應放療或藥物治療。