碘-125粒子植入的危害，具體需根據植入部位、植入劑量，以及植入粒子數量多少，決定粒子治療是否出現副反應及副反應嚴重程度。如用于肺的惡性腫瘤的粒子植入治療，最常見的可能會出現肺氣胸或血胸；用于胃腸道的腫瘤的治療可能會引起感染；如果用于腦瘤治療，有可能會出現局部水腫，比如瘤體是靠近血管或黏膜部位，隨著粒子植入劑量增大，可能會導致局部潰瘍、壞死。 粒子治療另外一個副反應，隨著靠近血管或者瘤體的縮小，可能會出現粒子發生移位等一系列副反應。隨著植入醫生治療的經驗增加，這一系列的副反應風險均可規避。