現在醫療條件和醫療技術高，目前新生兒肺炎治愈率較高，約90%以上可以治愈。但極少數遺傳代謝性疾病、免疫功能低下的患兒治療相對困難，治療周期較長，且易發生呼吸衰竭、心力衰竭等并發癥。 此外，新生兒肺炎的病原體也與治愈的概率有管，如果病原體毒力強，或者進入體內的細菌數量多，都會使治療較為困難。如果是重癥的新生兒肺炎通常要綜合治療，包括抗感染、氣道管理、吸痰、拍背、中醫治療等。但總體而言，新生兒肺炎治愈率較高。