腦仁疼通常稱作頭痛，即使部分病人覺得自己腦內痛，依舊稱之為頭痛。導致頭痛的病因較多，多數為無法找到病因的頭痛，即原發性頭痛，如緊張性頭痛、叢集性頭痛。有可能還出現偏頭痛、顏面部神經痛。還有一些其他的原發頭痛，如paroxysmal頭痛，即陣發性偏側頭痛，均無法找到明確病因。部分頭痛存在明確病因，包括腦血管病，如腦出血或蛛網膜下腔出血引起的頭痛，還包括腦內腫瘤，比如年輕人容易罹患的膠質瘤。腦炎、顱內感染也會引起頭痛，并且伴有發熱、惡心、嘔吐等癥狀。另外，腦膜癌病屬于腦內病變，也可以引起頭痛。還有一些非腦內病變，如鼻竇炎、打呼嚕，也會引起頭痛。