男性檢查支原體通常采用精液檢查，精液包括前列腺液、精囊液、附睪液，檢查結果最為準確。也可采取前列腺液檢查，通過按摩前列腺后取前列腺液進行檢查。急性期的病人可以進行尿道拭子或尿道分泌物檢查。通常男性存在不適癥狀時才進行支原體檢查，例如尿痛、尿道存在分泌物、尿頻、尿急，不育的病人也可進行檢查。男性尿道及生殖道內存在正常寄居的支原體，如解脲支原體、人型支原體，對人體不會造成損害。某些支原體也可致病，但根據目前的科學手段，無法判斷致病支原體的種類，患者存在臨床癥狀時可采取治療，存在生育要求的病人也可進行治療。引起非淋菌性尿道炎的支原體稱為生殖支原體，分子量較小，目前可通過基因技術在尿液、精液、前列腺液中檢查。