做無痛胃鏡所使用到的麻醉藥，會有相應的副作用。其一般是所謂的“牛奶”物質，也就是丙泊酚。它是一種起效比較迅速，作用時間比較短的靜脈鎮靜藥物。而所有的藥物都會有其相應的副作用，丙泊酚雖然可以讓病人產生非常安靜、舒適的感覺，在整個手術操作過程不會有任何的不適。 但是它也有相應的副作用，如會對心率產生影響，會導致患者的心率減慢，或者血壓有所下降，有的患者可能會出現一過性的呼吸抑制。一旦出現這種情況，只要給予相應的處理，如輔助呼吸、給予相應的升壓或者提升心率的藥物，在短時間之內癥狀就可以得到緩解，不會有生命危險。