外生殖器對男孩較為重要，兼顧排尿和生育功能。尿道下裂對患兒主要危害為外觀異常，以及尿道口位置下移造成無法站立排尿。尿道下裂患兒通常類似女孩一樣蹲位排尿，可對逐漸長大需要融入社會的兒童造成極大心理壓力和心理影響。 多數尿道下裂患兒合并陰莖下彎，如果不進行陰莖體伸直手術，后期發育過程中彎曲會加重，引起成年尿道下裂患者勃起疼痛和性交困難，影響以后夫妻生活及生育，重型尿道下裂患兒如果合并隱睪也會影響生育。