耐藥肺結核患者規律服用抗結核藥物，治療2-3個月后痰菌量可明顯下降，耐多藥肺結核患者達到細菌學檢查陰轉一般至少需要治療6個月。前6個月治療為耐多藥肺結核強化期治療，如果第6個月末患者痰菌檢測結果仍未轉陰，需要將強化期延長至8個月再進行判斷。 耐藥性肺結核傳染性與患者痰菌量密切相關，痰菌量越大，耐藥肺結核傳染性越強。痰菌轉陰指連續30天以上兩次痰培養檢測結果，均提示結核分枝桿菌呈陰性，而痰菌是否轉陰為判斷治療效果與傳染性的可靠指標。