甲狀腺毒癥的治療是根據患者的病因來選擇治療方案，籠統而言即是針對甲亢的治療方法，包括藥物治療、碘-131的治療、手術治療。對于年輕的女性患者，因主要涉及到生育、工作、活動等，所以首選藥物治療來控制甲亢。抗甲狀腺的藥物有兩種，一種是咪唑類，另一種是硫氧嘧啶類。代表的藥物分別為甲巰咪唑和丙基硫氧嘧啶，服藥期間要根據甲狀腺功能調整藥物的劑量。 對藥物不耐受的患者，比如出現藥物過敏，有皮疹、皮膚瘙癢，或使用后肝臟功能異常、粒細胞減少，及口服藥物后久治不愈、用藥后反復發作的患者，建議用放射碘治療，即用碘-131治療。 甲狀腺有明顯腫大，壓迫到氣管，引起氣管軟化，有癌變可能的患者建議進行手術治療。