三個月的寶寶大便有黏液，可能有以下幾種原因：一、生理性原因：寶寶轉奶、換奶期間會出現大便帶有黏液的情況，如果黏液比較透明、少量的在大便表面，而且大便的性狀、顏色、規律、次數沒有明顯的改變，進食、精神狀況等各個方面都比較正常，偶爾只有一次，可以暫時觀察。二、病理性原因：1、腸道感染：黏液出現黃膿色或者是比較濃稠，可能大便次數比較多；2、消化不良：會引起寶寶的大便有黏液，需要及時尋找原因，包括寶寶飲食結構是否變化，媽媽通過進食油膩等食物，從而引起寶寶的消化不良，寶寶的大便也會有黏液；3、過敏：對牛奶過敏，寶寶的大便也是會有黏液，要進行及時地評估和觀察。